分子動力學模擬中不同短程作用力計算方法的效率研究

分子動力學模擬中不同短程作用力計算方法的效率研究

利用分子動力學模擬的基準問題,對截斷半徑(cut-off distance)法、Verlet鏈(Verlet list)法和鏈格(linked-cell)法等分子間短程作用力的計算方法與模擬系統的粒子數、對比密度之間的關系進行了研究.研究結果表明,各計算方法的效率與模擬系統的對比密度、粒子數量有密切關系.在粒子數為16 384時,若對比密度為0.9,linked-cell法的計算效率是截斷半徑法的18倍,若對比密度為0.1,兩者的效率則相差100倍;在粒子數超過864以后,linked-cell法具有明顯的優勢.計算結果可以為合理評價分子動力學并行算法的效率和加速比等指標提供依據.

作 者： 吳江濤 劉志剛 趙小明   作者單位： 西安交通大學能源與動力工程學院,710049,西安  刊 名： 西安交通大學學報  ISTIC EI PKU 英文刊名： JOURNAL OF XI'AN JIAOTONG UNIVERSITY  年，卷(期)： 2002 36(5)  分類號： O552.3 O641.3  關鍵詞： 分子動力學   分子間短程作用力   Verlet鏈法   鏈格法  

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