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Pathway Tools可視化分析水稻基因表達譜
后基因組時代的到來使基因轉錄組學、蛋白質組學和代謝組學等高通量、多層次的生物研究手段廣泛應用于植物科學研究,從海量數據中有效挖掘必要的生物信息成為當今組學研究的瓶頸問題.RiceCyc(http://www.gramene.ors/pathway/)及其核心軟件Pathway Tools是水稻代謝途徑分析的有效工具.通過搜索TIGR(ht-tp://www.tigr.ors/tdb/e2k1/osal/)數據庫.用Pathway Tools軟件的omics viewer工具將耐鹽品種FL478和其不耐鹽親本IR29在鹽處理條件相對對照條件下的110個差異表達基因可視化展示在包含362條代謝途徑信息的RiceCyc細胞代謝圖上,從整體水平上分析了二者對鹽脅迫反應的不同.結果表明,在相同的鹽脅迫條件下,FL478相對IR29反應明顯較快,前者中被誘導的代謝途徑主要是能量循環過程如磷酸戊糖途徑、糖酵解和三羧酸循環(TCA循環),以及核糖的分解、碳水化合物的利用途徑;而后者中表達出現差異的基因主要涉及植物激素的生物合成,細胞結構組分代謝及次級代謝等途徑;類黃酮合成途徑在IR29中被明顯誘導而在FL478中沒有變化.
作 者： 張曉婷 謝荔巖 林奇英 吳祖建 謝聯輝 ZHANG Xiao-ting XIE Li-yan LIN Qi-yiug WU Zu-jian XIE Lian-hui 作者單位： 張曉婷,ZHANG Xiao-ting(福建農林大學植物病毒研究所,福建省植物病毒學重點實驗室,福建,福州,350002;河南農業大學植物保護學院,河南,鄭州,450002)謝荔巖,林奇英,吳祖建,謝聯輝,XIE Li-yan,LIN Qi-yiug,WU Zu-jian,XIE Lian-hui(福建農林大學植物病毒研究所,福建省植物病毒學重點實驗室,福建,福州,350002)
刊 名： 激光生物學報 ISTIC 英文刊名： ACTA LASER BIOLOGY SINICA 年，卷(期)： 2008 17(3) 分類號： Q786 關鍵詞： 水稻 基因表達譜 代謝途徑分析 RiceCye數據庫 Pathway Tools【Pathway Tools可視化分析水稻基因表達譜】相關文章：
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