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植物類金屬硫蛋白半胱氨酸富含區(qū)結(jié)構(gòu)的建模
詳細(xì)了解蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)信息有助于理解其生物學(xué)功能.隨著植物基因組研究的進(jìn)展,已發(fā)現(xiàn)了50多個(gè)植物類金屬硫蛋白(Metallothionein-Like, MT-L)基因.但至今只有少數(shù)幾個(gè)MT-L蛋白得到了純化,而其結(jié)構(gòu)尚無報(bào)道,因此有必要建立分析這類蛋白結(jié)構(gòu)特征的方法.本研究根據(jù)已知的哺乳動物MT的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù),分析得出了CXC、CXXC模式和金屬-硫絡(luò)合簇結(jié)構(gòu)原子間的距離限制條件,并用距離幾何算法計(jì)算得出預(yù)測蛋白可能的構(gòu)象;然后通過統(tǒng)計(jì)分析篩選出目標(biāo)函數(shù)值顯著較小、構(gòu)象能低的結(jié)構(gòu)作為這些蛋白半胱氨酸富含區(qū)的預(yù)測結(jié)構(gòu),由此建成了適合于植物類金屬硫蛋白半胱氨酸富含區(qū)的結(jié)構(gòu)預(yù)測方法.從應(yīng)用該方法正確地預(yù)測出了已知結(jié)構(gòu)的藍(lán)蟹MT的結(jié)構(gòu)來看,該方法是可行的.并用該方法預(yù)測了油菜MT-L蛋白的半胱氨酸富含區(qū)的結(jié)構(gòu).
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